1912年2月，正当升允督师步步进逼西安，陆洪涛已攻陷陕西礼泉，进逼咸阳，陕西革命军相继失利的紧急关头，黄钺随即召集同志商议，分析了当时的形势，决定立即在秦州起义。1912年3月11日（农历正月二十三日）晨6时，黄钺以秧歌社火队为掩护，分兵三路入城。除黄钺所部300余人外，联合秦州城防军2000余人一同入城。入城后，一路入游击衙门，游击玉润（满人）发枪抵抗，被击毙，黄钺令礼葬，并保护其家财产；一路入贡院，内驻新成立的地方部队，拥有开花炮3门，单响毛瑟枪200余支等新式武器，当即缴械收编；一路入州衙，知州张庭武被。黄钺单刀直入道署，约巩（陇西）秦（天水）阶（武都）道尹向焱起义，向同意，即在道衙成立了军政府，发布了《甘肃临时军政府檄文》。黄钺任甘肃临时都督，向焱为副，刘文厚为招讨使，魏绍武为使署一等参谋官。都督署设立八大处，分理军政民财教育各事项。董戒、肖润生、张衍荪等人相佐治。组织敢死队，杜汉三任队长。黄钺治军严明，除玉润外，未伤一人，市面秩序井然。黄钺制订颁发了《甘肃临时军政府约法》五章三十五条，《甘肃临时军政府行事章程》十八条，《甘肃临时军政府及总司令部职官名录》等。并成立了区、社、村、甲等民主政治建制和教育会，革除旧的司法、财税制度，创立新的平等民主的体制。军政府独立仅3个月时间，还推行了以下各项措施，如军政府是以“维持共和和救济人民为宗旨”、“不得误伤良民”、“不得强制平民服劳役”、“不得侵害人民财产”、“凡随营贸易者不得强买勒卖”等等。军政府所颁布的政策法令深得民心，全城人民，扬眉吐气，欢庆革命的胜利。
  但是，以长庚为首的封建势力是不甘心失败的。黄钺在秦州所作所为，早被清廷的忠实走卒、知州张庭武觉察，他暗派心腹向长庚告发。长庚即派马福祥保荐的马忠孝为统带，周务学保荐的刘文绣为统带，组成“讨逆军”向秦州进兵。这时，四川同志军李树勋部由陕南来到徽县，黄钺得到了援助。
  1912年3月15日，甘肃布政使赵惟熙代表全省官吏，咨议局议长张林焱代表全省绅民，致电北京袁世凯，承认共和。3月19日，兰州正式宣布共和，甘肃始挂中华民国国旗。长庚见大势已去，将陕甘总督的银质关防和王命旗牌12面，命公署戈什卡朱幼华用彩亭抬送给护理藩台赵惟熙。长庚用赵从藩库董福祥存饷中借给的2万两作路费，由黄河顺流而下，经绥远回到北京。兰州虽换了国旗，可一切照旧未改，翎、顶、花袍、马蹄袖盖，官场往来，依然如故。赵惟熙趁机投靠袁世凯，被袁委任为甘肃都督，于3月24日在兰州就职。赵惟熙唯恐秦州起义在他之前，有碍他的权位，故意颠倒黑白，硬说兰州承认共和比秦州早。他一面电京肆意污蔑，一面发布文告，指斥黄钺拥兵倡乱，行同土匪。并以甘督名义，令崔正午、刘文绣、马忠孝、李宗纲、罗平安等率部从东西南北包围秦州。兰州大绅刘尔炘、张林焱等发函指责黄钺独立。袁世凯听信赵惟熙的一面之词，责令黄钺取消独立。后经黎元洪、谭延闿等替黄辩白，秦州人汪剑萍、周尚志两人赴京上书，中央政府才电告黄钺结束秦州军政府，去京另候任用。秦、兰两方相持近3个月，始终未以兵戎相见，主要归功于省议会临时议长李镜清的拍案力争。黄钺提出14条解决条约，向焱又与赵惟熙商得优待条件。马福祥代表兰州，陈贞瑞、周昆代表秦州，于6月7日议定取消秦州临时军政府，向焱仍任陇南道尹，军政府士兵归向焱接管。黄钺决意离甘，应湖南省谭延闿之邀南归。黄钺南归后，编辑了《陇右光复记》一书，记录了他与革命党人在甘肃秦州起义的全过程，收录了大量原始资料。
  秦州起义在袁世凯和甘肃地方封建势力的双重压力下，最后被迫取消独立和临时军政府，流产失败了。但是，秦州起义所建立的临时军政府，虽仅存在不足3个月，然它仍有重大的历史功绩。
  首先，秦州起义给予陕西革命军以有力的支援，迎头痛击了长庚、升允为首的封建顽固势力，打乱了反革命营垒内部的步调，激化了统治集团的矛盾，最后巩固了陕西的独立，使长庚、升允为首的封建顽固势力迎溥仪“偏安西北”的企图成了泡影。
  其次，秦州起义所建立的甘肃临时军政府，以它的实际行动向甘肃各族人民宣传了民主共和的思想，使民主共和的新思潮在甘肃各族人民中得到广泛传播，这对以后的革命斗争具有深远的意义。我们有理由说，秦州起义在反对封专制、倡导民主共和的历史功绩，将永垂甘肃近代革命史册。 (责任编辑：鑫报)