生殖器崇拜也是性崇拜的主要内容之一。对原始初民来说，形成对生殖器的看法有一个过程。原始初民们早就发现，男女两性在外表上的最大差别主要在生殖器上，其次是在发育后的女性乳房上。他们最初只认识到通过性交、即男女生殖器的接触可以获得极大的愉快，以后认识到了性交与生育的联系，只有通过性交才能繁衍后代，因此更加认为生殖器具有一种神奇的力量。

古人对生殖器的崇拜既包括男根崇拜，也包括女阴崇拜。古人常用石头、陶器等制成类似男女生殖器一类的东西而加以顶礼膜拜。对男根崇拜物称为“祖”，如“石祖”、“陶祖”。在绍兴大禹陵中有一个4000多年前的“窆石”，有一人多高，就是一个男根崇拜物。在云南剑川有个石钟山，山上有剑川石窟，窟中有许多1000多年前的佛像，佛像中间有个女阴状的石雕，当地的白族人称它为“阿白”，意思是婴儿的出生处，即女阴。今人多把女阴看成是淫秽不洁之物，认为怎么能和佛像放在一起，其实在古代，人们同样把女阴看成是神圣之物。

生殖器崇拜有许多象征物，例如古人常以鸟、龟、蛇等物象征男根，至今许多人还把阴茎称为“鸟”、“鸡鸡”、“雀雀”。古人还以柱状物、塔、华表等物象征男根。“青龙盖地虎，宝塔镇河妖”，宝塔为什么能镇河妖？就是因为它象征男根，而男根是压邪的。古人还以孔状物或花、鱼、贝壳等物象征女阴。例如古代有一种羊头玉环，环状物为女阴的象征，羊则为吉祥物，加在一起就是“女阴吉祥”，充满崇拜之意。

古代曾流传女阴可以破敌的故事。清人俞蛟的《临清纪略》中记载：清乾隆三十九年（1774年），山东发生了以王伦为首的暴动，官兵守城，王伦的军队攻城。城上的官兵看到王伦军队有个穿黄绫马褂的人，在离城墙仅几百步处坐着，口中念念有词，官兵用密集的炮火轰他，可是铅丸打到离他的身体不远处就坠地了。官兵认为他有魔法，不知怎么办才好。这时，有个老兵急忙叫了一些妓女上城墙，裸露下身，以阴户对准这个人，然后开炮，才几发炮弹就把这个人打倒了。

这类记载似乎不是个别的。在有些古书上也记载了所谓“阴门阵”，即组织一大群妇女，裸露阴部以“破敌”，这真是太荒诞不经，太愚昧落后了。但是，无论这类记载是多么荒诞，有人这么说，还有那么多人相信，这至少说明了一个问题：千千万万年流传下来的生殖器崇拜的观念还有那么大的影响。