由于在广州居住房租昂贵，而伦敦传教会提供的经费不足，马礼逊的生活很快陷入了拮据中。不仅无法保证一日三餐，而且食品非常单调，“早上只吃一点面包和喝一些茶，晚上只吃一小块牛肉加米饭并喝一些茶”；再加上气候不适应，又处于半隐居状态，每天闭门读书，足不出户，他的健康每况愈下，最后虚弱得几乎不能在自己的房间里走动。
 

没有钱，没有朋友，也没有合法的身份。他的日记里开始频频出没“抑郁”、“孤独”和“沮丧”这样的字眼。
 

而祸不单行，10月份，由于中英双方发生贸易冲突，官府下令所有在广州的英国人离境，马礼逊不得不带着行李和书籍登上一艘英国船，在那里暂住了十几天。在船上，东印度公司的皮尔逊医生为他检查了身体，建议他找一个气候宜人的地方恢复健康。
 

由于官府的禁令迟迟未解除，他决定到隔海相望的澳门岛去碰碰运气。