公元7世纪吐蕃王朝初期，佛教传人藏族地区，甘肃、青海藏区从这时便有了修建的佛塔和雕刻的佛像。经过长达几个世纪的传播，佛教在藏旅人民中影响愈来愈大。至元朝初年，八思巴被忽必烈尊为帝师，统领天下释教，藏传佛教萨迦派备受尊崇。15世纪，宗喀巴大师创穴格鲁派，一些弟子首先在今青海东部和甘肃藏区建立早期的格鲁派寺院，在藏历第十三绕迥之土牛年，即清康熙四十八年{公元1709年），第一世嘉木样受青海和硕特前首旗贝勒察汗丹之请，返回故里建拉卜楞寺，标志着藏传佛教在甘肃藏区鼎盛时期的到来。拉卜楞寺位列格鲁派六大寺院之一，在安多地区有“卫藏第二”之称，享有极高的声誉。
建寺290年以来，拉卜楞寺是逐步发展起来的。第一世嘉木样（ 1648-1721}时建有闻思学院和续部下院。第二世嘉木样（ 1728-1791）时兴建了时轮学院，寺院也获得了长足发展，所属寺院和部落急剧增加。寺院的学经制度日益完善，确立了以教授显密二宗为主，医药、历算、词章、音韵、书法、声明、雕版、印刷、绘画、歌舞等为辅的学习体系。第三世嘉术样（1792---_1855 ）时建成医药学院。第五世嘉木样（ 1916-1947 ）时兴建了喜金刚学院、续部上院，并扩建各种佛殿。第六世嘉木样，即现任全国人大常委会委员、甘肃省人大常委会副主任的洛桑久美丹却吉尼玛成立了甘肃省佛学院。经过近三百年的发展，1982年该寺被列为全国重点文物保护单位。
拉卜楞寺最重要的还是其卓越的佛学研究和传播职能。在七大学院中，闻思学院主要学习五部大论，分13级，属显宗，系统学习佛学原理，下设因明部，5年学程，分5年5级；般若部，4年学程，分4年4级；中观部，2年学程，分2年2级；俱舍部，4年学程，为一学级；律学部为一级。该学院设有3种学位，即然坚巴、尕仁巴、多仁巴，多仁巴是其最高学位。考试科目为五部大论，非常严格，每年仅录取两名。续部下学院则专修密宗，设三个学级，最高学位为俄仁巴，每年取1名。时轮学院主修时轮天文历算。医药学院主修藏医，分三个年级，既学医理，也习制药，成药要有散、丸、膏三种，该学院培育出了许多优秀藏医。
正是由于拉卜楞寺严格的经学教育制度，因而使该寺人才辈出，培养出了许多闻名中外的佛学家。如第三世贡唐仓·贡曲乎丹白卓美着有12函，其《水树格言》、《经验老人之劝世法言》，向为藏族文学史上的名着；第三世智贡巴，丹巴然吉遍游安多藏区，巨着《安多政教史》名扬四海，成为研究藏传佛教及藏族政治、历史和军事的必读书目。所有这些学者，都为丰富中华民族的文化宝库做出了突出贡献。
拉卜楞寺的节庆和法会很多，较重要的有：正月祈祷法会，藏语称为“毛兰姆”.自正月初三至正月十七止。其间寺僧要在大经堂诵经六次，正月十三举行“亮佛”,将数十丈长的绣制佛像，展挂在晒佛台，由僧众高诵沐浴经。正月十四举行跳法舞会，十五晚间举行酥油花供灯会，十六“转弥勒”.二月法会：从二月初四至初八，期间初五纪念第一世嘉木样圆寂，名为“良辰”.四月 “娘乃节”:4月15日举行，这是释迦牟尼降生、成道、圆寂的日子，僧众、信徒都要闭斋，转经轮，念六字真言，以示纪念。七月法会：自6月29日至7月1 5日，集会7次，主要内容是辩经。十月宗喀巴逝世纪念，时间是本月25日，因是大师湼盘日，僧众要念大经，寺院开放，让信徒朝拜，晚间寺院建筑屋顶点燃灯火，灿烂如星，故又称燃灯节。
拉不楞寺藏经楼是我国重要的藏文古籍保存处，1958年前，藏书达22.8万部，现仍有6.5万部，1.82万种，包括医药类、声明类、工艺类、天文历算类、修辞类、书信类、历史类、传证类、全集类和各种佛典。
需要说明的是，拉卜楞寺的发展繁荣与历代中央及地方政府的支持密切相关。第一世嘉木样于1720年被康熙帝封为“扶法禅师班智达额尔德尼诺门罕”,赐金印；第二世嘉木样于1 772年被乾隆帝封为“扶法禅师班智达额尔德尼诺门罕呼图克图”;第三世嘉木样于1849年被道光帝封为“扶法禅师”;第四世嘉木样于1900年被清廷封为“广济禅师”,191 3年， 又被袁世凯封为“广济静觉妙严禅师”;第五世嘉木样于1 933年被封为“辅国阐化禅师嘉木样呼图克图”,第六世嘉木样现为全国人大常委、省人大常委会副主任。建国后，拉卜楞寺受到了人民政府在财力上的巨大资助。1985年4月7日，拉卜楞寺大经堂失火，六小时左右才扑灭。大经堂所藏珍宝大部脱险，嘉木样一至五世的舍利塔全部得救。大经堂附近的大金瓦寺、藏经殿、夏木旦佛殿等安全无损。全国人大常委会副委员长班禅额尔德尼·确吉坚赞对此十分关心，捐赠五万元，7月20日大经堂修复委员会成立，在政府的关怀下，大经堂很快得到重建。喜金刚学院经堂1957年失火被毁，由国家拨款按原式重建；藏经楼在“文革”中遭到破坏，现已得到恢复和扩充，又增添了铸字铜模、铸字机等铅印设备。由此可见，拉卜楞寺与历代政府都有着密切的联系，历世活佛都表现了爱国与爱教相统一的思想。
