战败降清
2月中旬，刘松山军逼近镇靖堡，董世猷出镇乞降，刘召纳之，并叫召董福祥等来投。
董福祥率众10万余人投降了清军，经刘松山整编，从中选留了一万多精锐编成三营，号“董字三营”.授封董为五品军功，统领三营，张俊、李双良副之。另为张俊编留一营，归董节制。所部统归刘松山统辖。其余部众分别遣归保安、安定、靖边等地为民，从事垦耕。
董福祥降清后，积极为清廷效忠，镇压回民起义，取得了封建统治者的信任。实现了个人升官发财的目的。从同治八年（1869年）到光绪二十二年（1896年）28年中，他的军事活动，可以分为首战金灵，西征河湟，进军新疆，镇压河湟事变四个阶段。
首战金灵 同治八年，刘松山驻靖边，秉承左宗棠“屯田策”,准备作且耕且战稳扎稳打的打算，询之于董福祥。当时董力陈：“马化龙以教主关系，维系回心，难期内变，并能号召甘、新教徒前来增援。我如缓进观变，彼则声势更张。为今之计，正宜示强不宜示弱。乘大，军方胜之声威，利用甘、陕回众尚未全部会合，可直捣金灵，必操胜算。”刘甚为嘉许，正在就地备战之际，马化龙部众果尔四出攻击，定边、安边、宁条梁等地相继失守，更引起刘对董的重视。
镇压回军
6月间，董福祥即随同刘松山军投入了进攻金灵的血腥战斗中。9月间，吴忠堡下桥之役展开了双方主力战，刘军前锋全部投入战斗，势犹不支，战局甚危。于是刘命董抄敌之左侧背援攻，董则率部冲杀最勇，转败为胜。在吴忠堡的争夺战中，旷日持久，势成拉锯，董福祥是每战必从，亲冒矢石，冲锋陷阵，终使马化龙部败退。
12月初，刘军总攻波浪湖马化龙的长墙阵地时，由于墙高沟深，攻未能下，董福祥率部乘风沙大作的自然烟幕，绕道突入墙卡后，自午至酉，纵横冲杀，旋进旋退，肉搏七八次。终将长墙阵地攻破。战斗中董福祥右臂受伤，犹裹创奋战。
同治九年（1870年）2月间，刘松山在吴忠堡南乡马五寨接受马化龙乞降时小弹受伤，弥留时告其侄刘锦说：“我没听董福祥的话，现在身遭不测，悔之已晚。董福祥有智有勇，且甚忠诚，你年尚轻，经验不足，以后凡事多倚重他。”同时又嘱董竭诚襄佐刘锦棠，共成大业。刘松山死，清廷以其侄刘锦棠继统刘松山军。
3月间，刘锦棠召诸将会议，讨论战策。董福祥献“反包围歼敌”之策，并自告奋勇率所部担任诱敌，-孤军守于板桥。马化龙未审是计，乃出金积、汉伯堡四五千之众，围攻板桥。甫合围，清军又自外反包围，内外夹击，大获全胜。
董福祥在投清前，他要求部众，在战阵中，先以威力吓倒敌人，尔后掳其人马武器物资，以壮大和充实自己，严禁乱杀乱烧。自归刘后，他认为人马物资的补充有公家负责，他为了急于立功以取信任，就鼓舞所部以破城毁寨杀人立功为主。他经常说：“血多才能染红顶子。”这个“血”主要是指作战时杀人越多越好。
同年冬，清军已将金积堡团团围困了数月之久，绝其外援，断其粮道，人皆以树皮草根杂以牛皮等为食。马化龙认为势不能挽，乃亲赴刘锦棠营乞降，以挽救被围军民之生命。刘锦棠上报左宗棠。左当时批令刘锦棠监护马化龙，并转饬招抚未降回众，尚无加害之意。后刘锦棠、董福祥栽赃诬陷，酷刑逼供，奏报清廷马化龙“心存再叛”而将马处死。
同治十年（1871年）3月间，宁夏、灵州、金积等地回民义军皆被镇压，生者尽遣外地。是时清廷对参与讨马化龙战役者都有升赏，董营得赏最多，董福祥升为四品游击，刘锦棠又另以金积、马家滩赐董，以示笼络。
同年6月，刘锦棠扶刘松山榇归葬于湖南原籍，以湘军提督萧章开权统刘军，分驻于宁夏各地。董的三营，则屯驻于金积整训。该部在作战中的缺员，复自其已经编遣安置的旧部中招来补充，遂又成为一支额足勇壮的劲旅。
西征河湟 同治十年冬；左宗棠以河（河州，今甘肃临夏回族自治州）、湟（今青海省）回民义军，仍顽强抵抗，遂檄调驻金积萧章开所统之刘锦棠部10个营，集中于甘肃之安定 （今定西县），以备策应。董福祥率所部四营，也参与了西征之役。翌年2月，左宗棠的行营自平凉进驻安定，召见了董福祥，并检阅了他的部队。左见其部队兵强马壮，大为嘉奖犒赏，称为西北干城。说是有此健儿，何患不平？勉董好自为之，为国效忠。从此就更坚定了他的充当帮凶、追求权位的决心。
同治十一年（1872年）7月刘锦棠自湘募勇返甘，左宗棠命其统帅所部开赴西宁，董部也随之投入了残暴的征杀。8月初清军抵碾伯（今乐都县），即向老鸦峡、观音堂、桌子山、高家堡一带以白彦虎为主帅的陕西回军，展开了为时3个月的攻击。终于在羊角湾、罗家堡、二十里铺、十里铺的一次总攻战斗中，最后将据守之回众全部击溃，兵临西宁城下，解了城围。据说，董字三营在参与这次战役的十八大营中，战功最着。因为这次战役，是以山地战为主，且以碉堡战对碉堡战，这正是他最有经验最能用武的战场，因而所向皆捷。
同年10月末西宁围解，部队从事休整。2个月后董又随刘锦棠开始了向西宁以北之向阳-堡进攻，兵分三路，董福祥为右路，次年初攻克之。向阳堡攻克后，董随刘返军西宁，刘锦棠任西宁道，就地整军。同治十二年（1873年）10月中，左宗棠以肃州久攻不下，遂白兰州到肃州督战。刘锦棠亦率董福祥等部由西宁取道永安、甘州前往助战。由于董福祥等部卖力向义军猛攻，肃州又复落入清廷掌握。
武卫京师
光绪二十年（1894年）中日战争爆发，董福祥奉旨内调，保卫京师。率所部马步18营，道经甘肃又增带回部十营（如马安良、马海宴、马如蛟等部）。途过星星峡时，适地方建修三皇庙，请他题匾额，他题了“人之初”三字。人们原以董本不学无术，但题词俗而不庸，一时传为佳话。
董入京觐见，备陈征战情况和西北长治久安之策。慈禧大悦，加尚书衔，赏福寿字，对-所部优加犒赏。董力陈自己出身戎行，不胜重寄。清帝嘉其“功高不倨”,遂谕特派白玉道、王学伊、安伟俊等四个翰林，随军襄佐，成为董的“智囊”.
镇压河湟事变 光绪二十一年（1895年）春，河湟事变又起。始而由于伊斯兰教中的新老教派之争，先后在河州、循化等地掀起了回民内部械斗事件。继以驻甘官吏的昏庸受贿偏袒一方，复将事态扩大。更以前往弹压的清军不查实情，就粗暴地认为新老教派的回众都属“一丘之貉”,皆是“造反之民”,遂一并“征剿”.于是新老教众，认为这又是清廷借机来杀灭回民，如不合作共抗清军，将必是“同归于尽”.从而爆发了河湟回族群众抗清的一场大战。当时撒拉族马占禄等围循化，河州回族闵伏英等攻狄道，马永琳围河州，大通的包良、西宁的包有福、海原的海四虎也先后杀官起而响应。“进剿”的清军，到处败北，穷于应付。清廷恭亲王奕沂荐奏董福祥统带甘军马步28营，自京赴甘，平定事变，并将陕军归其调遣。同时准董专折上奏（即不通过总督直接启奏各事），给以全权行事的最高职权。
(责任编辑：陈冬梅)
