是年8月间，董自京启行，沿途大张布告：投降的优恤重赏，抗命的痛歼不赦。入甘后以马安良（马占鳌之子，河州人，回族）为先行官，又起用马福禄任说降使。未战以前，已奏先声夺人之功。集结于狄道的董军，于11月初下令开始进攻。洮河三甲集一战获胜后，即兵不血刃连下太子寺、虎狼关、王家嘴、边家湾、康家崖、景古城、胭脂川，解了河州之围。义军一部就抚，一部西去，大部避于山乡荒野，旋亦降清。于是狄道、河州起义被镇压下去。时西宁一再告急，董遂派总兵何得彪、张成基、张铭新、马安良等先后前往驰援。董驻河州，令马福禄等办理善后。清廷以董用兵神速，议叙董福祥为甘肃提督，总统甘军。
光绪二十二年（1896年）春，西宁一再告急，清廷迭电催董亲往“督剿”.董福祥于5月上旬离河州，5月21日抵西宁。了解情况后，增派新锐部队，集中兵力，重点“进剿”.又以马福禄担任南路劝降，以马安良担任北路招抚，着崔伟等往西路分化义军。同时北联新疆驻军，南结四川联防，西约藏蒙王公贵族，共同商定外堵内追，速战速决的方案。于是各路并进，时未两月，而西宁各地起义大都被镇压下去。又经过继续“扫荡”,到同年7月底，青海全境已告“肃清”.清廷晋董福祥太子少保。在大力缩编甘军的情况下，特旨准董福祥编留得胜之兵20营，驻于西宁等地整训。
光绪二十三年（1897年），清廷由于光绪帝赞许康有为、梁启超等变法的主张，西太后极力反对，与直隶总督荣禄密谋，欲废光绪而自掌清政。为了加强京师的实力，遂调董福祥入京。董到京时清廷以破例之礼，欢迎其“凯旋”于芦沟桥畔。对董部优为赏赐，对董赐以紫禁城骑马肩舆，赏穿嗉貂褂。据说嗉貂褂是贵胄眼，武臣得此，是最高的赏赐。旋编归直隶总督荣禄所节制北洋三军之一（提督董福祥之甘军，提督聂士成之武毅军，按察使袁世凯之新建军）。董于是也进一步地对清廷的守旧派表现了忠诚。
光绪二十四年（1898年），西太后于9月21日发动了“戊戌政变”,将光绪帝囚于中南海；之瀛台，下诏临朝“训政”.又诏命各军统归荣禄节制，重编前、后、左、右、中五大军：聂士成之武毅军为前军，驻芦台，扼守北洋门户--大沽、塘北；董福祥之甘军为后军，驻蓟州，兼顾通州；宋庆之毅军为左军，驻山海关内外，防东路；袁世凯之新建军为右军，驻小站，扼津西南要道；荣禄另募亲兵万人为中军，驻南苑，以卫京师。
抵御外虏
从光绪二十五年（1899年）以来，全国人民反对帝国主义，反对清廷腐败的浪潮，汹涌澎湃，莫能遏止。各地焚教堂、驱洋人的事件层出不穷。各国驻京使节纷纷提出抗议。西太后和一些当权的王公大臣，统置各国使节的抗议而不理，认义和团的忠勇可恃，企图一举而将洋人洋物驱毁净尽，以恢复往昔的闭关自守。光绪二十六年（1900年）春，更进而降旨命庄王载勋为义和团总统领，大学士刚毅为协办，并命董福祥与义和团联合。在京城的义和团即和董军到处焚教堂、杀教民、拆电线、烧学堂、捣洋楼、毁洋商。刚毅闻而大喜，誉董福祥勇如黄天霸。于是事态愈演愈烈，各驻京使节，纷纷向本国告急，要求派兵前来保护使馆和侨民。6月中旬日本派卫兵到京，日本使馆的书记官杉山彬出城迎接，为董部破腹杀死。“总理各国事务衙门”的端王载漪闻报后，特召见他，并伸拇指称他为“真是好汉”.接着端王又指使武卫军杀死了德国公使克林德。于是下令宣战，以庄王载勋为步军统领，以刚毅统率义和团，连同董之甘军，端王之武卫军，开始向各国使馆聚居的东交民巷进攻，历时20多天，死伤甚众，但一个使馆也没攻下。端王、庄王曾令董福祥纵火翰林院，企图延烧使馆付诸一炬，结果也失败了。
6月16日，英、俄、日、法、德、美、奥、意八国联军，开始进攻大沽口。是日即攻占我国大沽炮台。清廷乃急调董福祥甘军自京驰赴北仓（天津西北）抵御，令武毅军聂士成守天津，直隶总督裕禄（主力是义和团）布防于杨村（京津之间）。同时电调董部留驻甘肃的马安良率甘军10营（有说20营的），山西毓贤率义和团，和山东袁世凯的新军，火速兼程来京增援。
7月14日，天津被攻陷。继而联军集中兵力，大举进攻北仓。董部和义和团虽在火器劣势的情况下，犹奋战20天，曾多次出击歼敌，予联军以沉重打击。终以天津失陷和侧背受敌，乃于8月撤退北京，重整队势，固守广渠门、东便门、朝阳门之线的城防。
旋直隶总督裕禄战败于杨村而自尽。帮办武卫军务大臣李秉衡迎战于黄村亦败，在联军尾追下，及至通州，全军皆溃，李遂自戕。8月14日联军在广渠门、朝阳门发动了总攻，战况至为激烈。防守朝阳门的董部马福禄奋力死战，终以联军炮火集中轰击，死伤惨重，马福禄被炸死，该门遂陷敌手。继之东便门、广渠门，均为联军攻入。时义和团继续巷战，董即收容残部，退守宫室，苦战了一昼夜。当时西太后和一些王公大臣计议，认为援兵不至，宫廷莫保，遂决定挈光绪帝出奔，留庆亲王奕勖在京求和。当联军入京后，不守国际公法，烧杀淫掠，形同匪盗。搜查宫禁，掠夺宝藏，国珍民财，损失无算。
北京被占领后，光绪和西太后在董福祥护卫下，混于败兵中偷偷地出彰仪门西奔。西太后命董福祥为随扈大臣，节制全部满、汉马步残军，护驾西行。董复荐奏以殉忠的马福禄之弟马福祥为护驾亲随马队，宿卫禁宫。
董随后、帝抵宣化不久，山西巡抚毓贤率勤王之师赶到，奏谓山西全境的洋人势力尽被清除，遂又转往太原。由于联军南下保定，太原告危，董福祥力谏两宫赴西安。其理由为：一则暂都西安可以设朝理政，诏告各省共整勤王之师，外张不屈之势，内安国入之心；二则“圣驾”远离京城，既可避开联军直接威胁，又可使敌不敢孤军深入，有利和议折冲；三则如和议不成，犹能与敌周旋，且福祥久历西北，尚可纠集西北健儿，作和议之后盾，为再战之先锋。西太后甚为嘉许，遂于10月到西安。董到西安后，犹以反洋勤王的功臣自居，认为总有一天会作到“一人之下万人之上”的高官。
解职归里
光绪二十七年（1901年），清廷在签订卖国条约之前，在各国使团威逼之下实践先决条件，即诏令将端王载漪、辅国公载澜定斩罪，缓刑发配新疆，永生监禁；庄王载勋、都察院左都御史英年、刑部尚书赵舒翘，赐令自尽；协办大学士吏部尚书刚毅、大学士徐桐、前四川总督武卫军帮办义和团统领李秉衡，虽均死故，但亦不赦，均追夺原官；山西巡抚毓贤、礼部尚书启秀、刑部左侍郎徐承煜，定为即行正法。
光绪二十七年（1901年），董福祥在他原有的北京、西安、兰州、固原、金积、新疆等地的所谓“董宫保府”中，选择了塞北江南的宁夏金积之“董府”定居下来。据说这个府，是在光绪二十年他晋京觐上特赏建府银30万两，费时3年工夫而建修的。开工时是按尚书衔的提督府格局，-R将竣工时，董又晋太子少保衔而加以装璜成为“宫保府”的。府北侧原有的“统领第”（也称旧府），遂让给族人居住。
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