清代，青海各族人民不断开展反抗统治阶级的斗争。雍正时，清廷规定青海蒙、藏牧地以黄河为界，禁止相互逾越。因河南草原狭窄，不敷放牧，河南藏族怀念蒙古人居以前原河北牧地，故多次北渡黄河，与守卡、巡防清军发生武装冲突，部分人还抢掠蒙古部落。 清廷多次派兵镇压藏族北返活动，追杀藏族民众，迫使藏族各部返回河南。藏族侯清军撤走后，仍然大批渡河北迁，坚持不懈地开展还牧河北的斗争。直到威丰时，太平天国革命爆发，清廷只好同意刚咱 （ 察 ） 等藏族部落在环湖和黄河以北各地驻牧。 （ 见清代河南藏族北返斗争 ） 乾隆、同治、光绪年间，青海地区先后爆发了撒拉族、回族等群众反抗清朝统治的起义和斗争，虽然都遭到统治阶级的残酷镇压，但在省内外造成了极大的声势，有力地震撼了清朝的反动统治 （ 见清末回撒反 清斗争 ） .
清代青海经济以农业、畜牧业为主。河湟谷地农田大部分被各土司占有，牧业区草场和牲畜由寺院宗教上层和王公、千百户占有。农民除给土司缴纳地租外，还向官府缴纳田赋。牧民除向占有者缴纳实物租外，还要提供劳役和贡物。农牧业经济的发展和人口的增加，随着时局的稳定与否而变化。清代中期，由于在东部农业区实行边角荒地开垦后永不起科的政策，农民开荒扩大耕地面积，促进了农业发展。光绪时，清廷同意西宁办事大臣庆恕重办青海垦务，在黄河沿岸扩大小块农业区，增加了粮食自给程度 （ 见庆恕重办青海垦务 ） .手工业生产主要是从事农产品、畜产品加工，以及各工匠从事的家庭手工业。矿业开采处于起 步阶段，人工开采茶卡、柯柯盐矿，开采大通煤窑，规模较前有所发展。乾隆后，开采境内砂金，有一定规模的如札马尔图金矿 （ 见清末全矿开采 ） .商业贸易逐步繁荣。清初沿袭前代继续实行茶马互市制度，由西宁荼马司办理。雍正十三年 （1735年）， 清廷结束了延续一千余年的茶马互市制度，官方所用的马匹通过贡赋形式征集，茶马贸易转由民间经营。西宁等城镇是民族贸易的中心，乾隆时就出现有山西、陕西等地商人办的商号、会馆。雍正时，蒙藏各部与内地贸易地点由那萨拉 （ 日月山 ） 改在丹噶尔，使丹地商业发达，人口增加，嘉庆、道光时商业十分兴盛，成为农、牧区之间贸易的重要市场 （ 见丹噶尔城贸易 ） .光绪后，青海畜产品开始落入外商之手 ,“西宁毛”在国际市场享有盛誉 （ 见西宁毛外销 ） .
清代交通运输有新的发展。在东部农业区形成了以西宁府为中心的驿道网络，在西部柴达木地区有通向西藏、新疆和甘肃河西走廊的道路。青藏大道是内地联系西藏的重要桥梁，自西宁至拉萨大昭寺共67程，3670 余里，虽路途艰辛，但贡市往来、民间商队仍畅通于世界屋脊的这条道路上。运输主要靠陆路交通，用牲畜马车驮运。 （ 见清代青藏驿道 ） 循化、贵德、民和等地黄河上有渡船运输。光绪后，外国洋行利用皮筏水运青海羊毛可至兰州、包头等地，再经张家口、天津出口。光绪末，改驿归邮，成立西宁府邮政分局，并在部分县城设立代办所，办理信函、汇兑等业务 （ 见青海开办邮政业务 ） .
清代初、中期，在府城、县城办有少数儒学、社学、 书院，光绪后改设为中学堂、小学堂。中后期，西宁及部分县城曾设立回民社学、义学。宣统时在西宁设蒙古半日制学堂 （ 后改为宁海蒙番小学 ）， 但学生较少。 清代编修的地方志如顺治《西宁志》，乾隆《西宁府新志》、《循化志》，光绪《西宁府续志》等，保存了地方历史和现状的史料，成为今天宝贵的文化遗产。
辛亥革命后，在青海的清朝地方官自动离职。北洋政府废青海办事大臣，改设青海办事长官。 1912 年9月，袁世凯任命原西宁府知府廉兴为青海办事长宫，任命马麒为西宁镇总兵。次年，廉、马共同主持祭海会盟，宣布清帝退位、民国成立的消息，劝蒙藏头人联名致电北洋政府，表示拥护共和。自此青海全境正式归附中华民国。马麒到职后，积极扩军，组建宁海军。1915年，廉兴被查办，马麒任甘边宁海镇守使兼蒙番宣慰使，集军政大权于一身。这样，青海地区结束了前清数百年来政令不一的局面，同时为马氏家族统治青海奠定了牢固的基础。1925年，国民军入甘。次年，冯玉祥任马麒为青海护军使，马麒所部军队接受国民军改编 （ 见国民军入青 ） .1928年10月17日，国民党中央政治会议决定将甘肃省西宁道属7县及原青海办事长官所辖蒙古29旗、玉树25族、环海8族、果洛等地划出，成立青海省，西宁为省会，任命孙连仲为首届省主席 （ 见青海建省 ） .孙任期不到一年，此后依次由马麒、马麟、马步芳任青海省主席或代主席。青海建省初，全省人口约有93万。民国时多次增设县、设治局等，行政区划屡有变动。至1943年已有l9县、6设治局。1947年，全省辖1市 （ 西宁市 ）；1地 （ 玉树行政督察区 ）；19县：大通、湟中、互助、乐都、 民和、循化、贵德、化隆、湟源、共和、门源、玉树、都兰、兴海、同仁、囊谦、称多、海晏、同德县；还有祁连设治局、星川设治局。已改县或裁撤的设治局有海晏、兴海、通新、香德、西乐、和顺等。马步芳控制青海军政权力后，青海表面上服从国民政府，青海军队也列入国民政府军的序列，但马氏军阀在其控制的地盘内享有相当大的自主权，青海在许多方面具有很大的独立性，可以说处于半割据状态。马步芳主政青海后，集党政军权于一身，实行封建独裁的黑暗统治，增加农牧民的赋税儒役负担，对青海各族人民进行残酷的压迫、剥削和奴役。马氏军阀控制的军队，由宁海军初建时的1300余人到解放战争时增至15万人，30多年间增加了百余倍。他们利用这支军队多次血腥镇压、抢劫藏、哈萨克等族人民，还曾派兵在青南和河西围追堵截红军，赴陇东参加反共反人民战争等 （ 见马步芳镇压果洛藏族、马 步芳镇压哈萨克族、青马军河西围剿红军 ） . 1949年青海解放前夕，青马军被人民解放军消灭 （ 见陇东战役、固关之战、兰州战役 ） .
民国时期青海经济的主体产业是传统的农牧业，畜牧业经济占较大比重。牧场归封建领主 （ 蒙古王公、藏族千百户等 ） 占有。畜种改良与培育在一定范围开展，出现兽疫防治机构，牲畜数量最多的年份曾突破 1000 万头 （ 只 ） .但畜牧业一直停留在靠天养畜的低水 平上，抵御自然灾害的能力很低。农业生产水平较前有所提高，经多次举办垦荒，农田面积有所增加。1949年全省土地面积679万亩，比民国初期增加1/3强，其中水浇地面积达782940亩，比民国初期有增加。土地以封建地主占有制为主，主要耕作方式仍是“二牛抬杠”, 经营粗放，加上自然灾害和封建生产关系的束缚，粮食产量低，许多年份小麦、青裸等作物平均亩产不足百斤。民国时青海的植树造林成绩较为显着，但与此同时在林区实行剃头式滥伐的现象也大量存在。传统的手工作坊和家庭手工业较前有所发展，出现官营工矿企业。
1930年在义源祥商号内附设了义源工厂，随后又相继开办了军械厂、印刷厂、纺织厂、火柴厂等。 后来在此基础上建成“八大工厂”等。这些厂矿有些属于传统的作坊，有些是手工工场，拥有电力机器设备的企业占少数，且规模不大，条件简陋；但它毕竟采用了比过去先进得多的技术设备，给闭塞落后的青海第一次带来了现代工业生产的新气息。在一些厂矿多少采用了带有资本主义性质的雇佣劳动及货币工资制度，某些产品具有了资本主义商品的属性。民国时商业网点增多，商业资本家萌生，出现了最早的银行，金融业产生并得到初步发展。局部地区公路网初步形成，小型飞机出现。自清末开办邮政，到1947年已有了自办汽车邮路。无线电台、电话装置相继出现。
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