吉木萨尔千佛洞，坐落在天山北麓距吉木萨尔县城西南5公里的黄土岗上，向北有小路与乌奇公路相通，交通便利。
千佛洞建筑呈东西向的长方形，东面有山门。正殿坐西朝东，土木结构，南北两则建有配房，砖木建筑。正殿为一有斗拱的硬山顶建筑，分前、中、后堂三部分。前堂塑有丈许高的释加佛像一尊，中堂面阔三间，绘有佛说法图，18罗汉等塑像；后堂塑有卧佛一尊；三部分紧密相连，构成一个整体。寺院的西南搭有戏台，供庙会组织的戏班所用原千佛洞始建于唐代，现千佛洞始建于清代，四建四毁。我们现在见到的是1993年由吉木萨尔佛教理事会募捐修建的，面目已同历史上的千佛洞不同。壁画、雕像均为现代工匠重新雕塑绘制。
千佛洞东、西两面为前、后沟，泉水淙淙细流涓涓，山坡沟底，杂树丛生。周围低山簇拥，重岩垒嶂。每年接待前来敬香瞻拜的善男信女和专家学者达2万余人。每年农历4月初八、六月初六，这里人流如海，热闹非凡。吉木萨尔千佛洞现已被列为昌吉州级重点文物保护单位，如能加以妥善引导、利用，旅游开发前景看好。
千年的疑云
乾隆三十五年（1770年），吉木萨尔有个菜农得了眼病，双眼几近失明。一次，菜农眼病发作疼痛难忍，在山顶解下腰带想自尽。忽听有人在耳边说：“山下有溪水，用溪水洗眼睛，可以重见光明。”
他问：“你是谁？”没有人回应。菜农匍匐下山，听到山涧流水之声，就许愿：“如果真能治愈眼病，就出家为僧。”
菜农用水一洗双眼，果然疼痛立止。菜农在水边洗了两天眼睛，视力竟恢复了。他向空中拜谢后再次爬向山顶。途中忽然见到一处土坡坍塌，从山体裂缝中竟露出了白灰墙壁。
菜农立刻用手刨挖，又见到了门洞，可他不敢贸然入洞。出山后，菜农便将所见告诉了村民。
人们推开洞门，点燃火把后才看清山洞中有尊身长六丈的卧佛，金面跣足，衣服颜色如新。又见到不计其数的佛像，从一尺多高到三五寸长短不等，极其精美。
菜农感泣，即日落发出家，并在洞前盖了座庙宇。洞中佛像有九尊，由乌鲁木齐都统索诺木策零进贡给乾隆皇帝。
高台寺遗址
学者霍旭初一行对石窟遗址进行了详细勘察。在千佛洞卧佛窟卧佛上部墙面上发现残留有古代壁画遗存，图案清晰可见。在千佛洞西南侧土台遗址上，发现山体形成三层坡度与吐鲁番柏孜克里克千佛洞相似，周边还发现很多唐代建筑砖瓦残片。专家们据此初步推断吉木萨尔千佛洞遗址可能是唐代高台寺遗址，详细结果还需进一步挖掘勘察才能确定。
霍旭初说，史书《王延德使高昌记》记载：太平兴国六年（981年）宋使王延德自高昌沿他地道越天山北上，沿途历经“交河州，凡六日，至金岭口，宝货所出。又两日，至汉家砦。又五日，上金岭。过岭即多雨雪，岭上有龙堂，刻石记云，小雪山也。岭上有积雪，行人皆服毛厨。度岭一日至北廷，憩高台寺。”而后始至北庭。
可见王延德曾憩足过的高台寺就位于他地道口北上北庭的交通干线上，其位置恰与吉木萨尔千佛洞相符。
高台寺因位于一座高台而得名，今吉木萨尔千佛洞又恰建立在谷中-座高台上，同寺名寓意也完全一致。
加之千佛洞洞顶后侧有高台遗址，周边还有唐代建筑砖瓦残片。据此初步判断，吉木萨尔千佛洞很可能就是高台寺。
霍旭初一行专家认为，如果吉木萨尔千佛洞就是唐代高台寺遗址的话，这将对研究汉唐由车师古道相连的高昌和北庭两地佛教文化有着重要意义。
封藏之谜
据记载：当年菜农在千佛洞出家，并在此建立了寺院。以后千佛洞一直由道士住持。从乾隆中期开始，千佛洞历经了三次劫难。
第一次劫难是：同治三年（1864年）寺院被战火烧毁，1933年第二次劫难中，马仲英率部侵入新疆将寺院焚尽，再加上后来“文革”中的“破四旧”……千佛洞历经三毁四建，每次毁得越彻底，恢复就越迅速，恐怕这就是凤凰涅盘的生命力。
年民国财政部官员谢彬路经吉木萨尔，在《新疆游记》中他这样描述千佛洞阴历六月六日的千佛大会：“数百里内外士女，皆来祈福禳灾。车水马龙，肩摩踵接，如是半月，岁以为恒。”可见在两次劫难之间，千佛洞是新疆东北部佛教的主要集会场所。
菜农的发现是千佛洞重现天日的契机，也是千佛洞新一轮劫难的起点。然而千佛洞的毁与建，都只是针对寺院。
那洞穴中秘藏七八个世纪之久的精美佛像何在？答案是：已经毁于战乱。谁也未曾见过藏佛洞，人们倾泻情绪的对象，都是这个乾隆三十六年建在山顶上的寺院。
敦煌藏经洞与吉木萨尔千佛洞（藏佛洞），是中华文明史发现宝藏的两大奇迹。敦煌藏经洞封闭的动机，是谜中之谜。
据学者杨镰推测，敦煌藏经洞原本是名刹三界寺的图书档案馆，而三界寺则是西域古国于阗的“驻河西办事处”,进出中原的中转站、起止点。
世纪于阗国面临亡国厄运，三界寺的僧俗关闭了寺院，秘藏了文献经典。自此宝藏成为无主存款，价值与年俱增，却无人领取。
吉木萨尔千佛洞密封在相同的历史时期，时过若干世纪才意外启封，因为真正的藏宝者将秘密带到了另一个世界。实际上，这种封藏是佛教文明对付劫难临头的标准程序。
